La historia de Colegiales está ligada a la de los barrios de Chacarita y Villa Ortúzar ya que los tres formaban parte de una antigua estancia jesuítica, que pertenecía a la Compañía de Jesús. En efecto, en 1608 el gobernador de Buenos Aires, Hernando Arias de Saavedra, más conocido como Hernandarias, otorgó a esa orden religiosa terrenos en parte de lo que hoy son esos barrios. Desde 1614 hasta 1746 los jesuitas se hicieron dueños de más tierras hasta completar unas 2.700 hectáreas conocidas como “La Chacarita”(«Chácara» es un vocablo antiguo, de origen quechua o aimara, que se utilizaba con el significado de «huerta», y que con el tiempo se modificó por «chacra»). ​Los antiguos caminos que facilitaban la comunicación a los religiosos se transformaron con el tiempo en el actual trazado de las principales avenidas, tal es el caso de Álvarez Thomas, Federico Lacroze, y Dorrego.

Como ese predio tenía instalaciones en donde pasaban sus vacaciones los alumnos del Colegio San Ignacio (Luego Colegio Real San Carlos y hoy Colegio Nacional de Buenos Aires), la zona era denominada popularmente, desde el siglo XVII, como La Chacarita de los Colegiales. El escritor Miguel Cané en su obra maestra Juvenilia (1884), cuenta todas sus experiencias vividas en ese colegio y en un capítulo menciona una anécdota ocurrida mientras estaba de vacaciones estudiantiles en dicho lugar, sobre un arroyo que circulaba por la actual avenida Elcano.

Desde su conformación, uno de los principales caminos que unía el centro de Buenos Aires con la Chacarita, era el Camino del Norte (hoy avenida Cabildo). Cuando llegaba el estio, los alumnos del Colegio San Ignacio, montando y jineteando, abandonaban la ciudad y se dirigían a la Chacarita de los Colegiales para veranear. Aquellos jóvenes avanzaban por el Camino del Norte, hasta el actual barrio de Colegiales, donde utilizaban otro camino que los alcanzaba hasta la Chacarita. Los vecinos comenzaron a denominar ese camino secundario como “De los Colegiales”, lo que hoy en día es la actual Avenida Federico Lacroze.

Durante varios años, el barrio de Colegiales estuvo bajo la jurisdicción del Municipio de Belgrano y recién en 1887, cuando dicho pueblo se anexa a la Capital, este barrio pasa a formar parte de la Ciudad de Buenos Aires.

Lugares de interés:

En la década del 60 se inauguró el principal centro de salud del barrio: el Sanatorio Colegiales, el cual se emplaza en la calle Conde (al 851).
A media cuadra, también sobre la calle Conde, se encuentran las instalaciones de la radio FM Metro (95.1 MHz).

Desde el 2012, casi en la intersección de las avenidas Lacroze y Álvarez Thomas existe un teatro para 1500 personas (Antiguo Teatro Argos o Colegiales) el cual es gerenciado por la multimedios Vorterix y desde donde transmite la radio Vorterix Rock.

De acuerdo a la Ley de Comunas de la ciudad de Buenos Aires, Colegiales ha pasado a integrar la Comuna 13, junto a los barrios de Belgrano y Núñez.